Żmudź swą intrygującą nazwę zawdzięcza osadnikom z terenu nadbałtyckiej Żmudzi, którzy otrzymali tę ziemię w nagrodę za zasługi w bitwie pod Grunwaldem w 1410 roku.

Nawiązanie do tego wydarzenia widać w herbie Gminy, przedstawiającym niedźwiedzia w łodzi, a właśnie to zwierzę umieszczono w godle dawnego Księstwa Żmudzkiego. Pierwsze zapisy o Żmudzi pochodzą z 1443 roku, dokumenty te potwierdzają przynależność miejscowości do parafii rzymsko katolickiej w Chełmie. W roku 1595 diecezja chełmska przystąpiła do unii z Rzymem, co miało istotne znaczenie dla tych terenów w przyszłości. U schyłku I Rzeczypospolitej po I rozbiorze Polski granica między Polską a Austrią przebiegała wzdłuż biegu rzeki Udal, dopiero na podstawie umowy między dwoma krajami w 1776 roku tereny te znowu powróciły do Polski.

Pod koniec XIX w. Żmudź była siedzibą gminy oraz sądu gminnego. Po utworzeniu w 1912 r. guberni chełmskiej tereny gminy Żmudź weszły w jej skład, a w 1915 r. w wyniku ofensywy państw centralnych front przesunął się na wschód i Żmudź trafiła pod okupację austriacką. W okresie II wojny światowej na terenie Gminy Żmudź istniał obóz jeńców radzieckich.

Po zakończeniu II wojny światowej nastąpiły na tych terenach ogromne migracje ludności, Ukraińców przesiedlono za Bug, na ten teren napłynęła ludność z Wołynia, Polesia i Podola.